Nextera Mate Pair Library Prep Kit

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.
Nextera Mate Pair Library Prep Kit

Nextera Mate Pair Library Prep Kit

Этот набор пробоподготовки позволят при минимальном количестве исходной ДНК получать без использования геля mate-pair библиотеки с максимальной длиной фрагментов до 12 kb.

Nextera Mate Pair Library Preparation Kit - идеальный набор для секвенирования de novo, доработки генома и выявления структурных изменений. Он совместим с большими геномами - даже с самыми сложными геномами, такими как геномы раковых клеток.

  • Секвенируйте ценные образцы, когда имеется малое количество стартового материала ДНК

  • Создавайте разнообразные библиотеки с высочайшим качеством данных

  • Подготовьте библиотеки для секвенирования менее чем за два дня


Требует в 10 раз меньше материала ДНК, чем другие протоколы

Доступны как протоколы без геля, так и с ним:

  • Протокол без использования геля предназначен для mate pair секвенирования при ограниченном количестве ДНК. Он предназначен для таких целей, как, например, сборка малых геномов de novo.

  • Протокол с использованием геля идеально подходит для сборки сложных геномов de novo.

Разнообразие библиотек и улучшенное качество данных

Набор обеспечивает идентифицируемые границы сиквенса для точной идентификации двух половин фрагмента mate pair.

  • Биотинилирует молекулы ДНК только в местах фрагментации, избегая проблемного внутреннего биотинилирования

  • Позволяет создавать миллионы уникальных фрагментов

  • Большее разнообразие библиотек приводит к меньшему количеству повторных прочтений и лучшему качеству данных

Быстрый и простой рабочий процесс

В наборе Nextera Mate Pair используются мастер-микс реагенты TruSeq DNA Library Preparation, что позволяет сократить количество необходимых этапов анализа и время непосредственно ручной работы.

  • Меньшее количество шагов пипетирования упрощает рабочий процесс и уменьшает количество теряемого материала образца

  • Вариант протокола без геля и реакции на шариках упрощают этапы очистки и сокращают время непосредственно ручной работы.

Спецификации

Время анализа
1,5-2 дня
Время работы руками
1,5-2 часа
Тип нуклеиновой кислоты  ДНК
Количество стартового материала 1 мкг ДНК для протокола без геля, 4 мкг ДНК для протокола с гелем
Мультиплексирование Может мультиплексировать до 12 образцов, в зависимости от размера генома. Совместим с большинством геномов ДНК.
Механизм действия Методы, которые нацелены на место соединения больших кольцевых фрагментов.
Для исследования каких видов подходит
Человек, Бактерии, Другие, Крыса, Растение, Млекопитающее, Мышь
Метод De Novo секвенированиеLong-Read СеквенированиеПолногеномное секвенирование
Класс вариаций Инделы (вставки-делеции), Однонуклеотидный полиморфизм (SNP), Структурные варианты
Для работы с какими платформами подходит HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000,  MiSeq
Технология Секвенирование 

Рекомендации по проекту

Секвенатор
Рекомендуемое количество образцов Длина прочтения
NextSeq 550        1 образец за запуск (на основе эукариотического генома)
до 2 х 150 п.о.
HiSeq 2500        от 10 до 15 образцов за запуск (две проточные ячейки; эукариотический геном)
до 2 х 150 п.о.

De Novo Assembly with Mate Pairs

nextera-mate-pair-library-prep-kit-web-graphic.png

Использование комбинации коротких и длинных размеров вставки с секвенированием с парных концов приводит к максимальному охвату генома для сборки de novo. Поскольку большие вставки могут спаривать прочтения на больших расстояниях, они обеспечивают лучшую способность считывать часто повторяющиеся последовательности и области, где произошли большие структурные перестройки. Короткие вставки, секвенируемые с большой глубиной, могут заполнить пропуски, пропущенные большими вставками, чередующимися с меньшей глубиной. Так, библиотека из коротких и длинных вставок обеспечивает лучшую сборку de novo, что приводит к меньшему количеству разрывов, большим контигам и большей точности секвенирования.


Пример рабочего процесса для конкретного метода
Подготовка
библиотек для:
Секвенирование на:
Анализ данных с помощью: