TruSight Cancer

Эти панели предназначены для исследования 94 генов и 284 SNP, связанных с предрасположенностью к различным видам рака.

Разработанные в сотрудничестве с экспертами по геномике рака, эти готовые к использованию олиги позволяют исследователям секвенировать различные гены и однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), определённые ранее как связанные с предрасположенностью к раку.

Позволяет исследовать 94 гена и 284 SNP, связанных с предрасположенностью к раку



TruSight Cancer включает в себя гены, связанные как с широко распространёнными видами рака (например, молочной железы, колоректальный), так и с редкими. Кроме того, набор включает в себя 284 SNP, которые, как было установлено, коррелируют с раком в рамках общегеномных ассоциативных исследований (GWAS). Отбор содержимого основывался на экспертной оценке, научной литературе и других достоверных источниках.

Панель TruSight Cancer представляет собой зонды, специфичные интересным для исследования областям. Поставляемых реагентов достаточно для четырех реакций обогащения. TruSight Cancer совместим с TruSight Rapid Capture и Nextera Flex for Enrichment.

Данные по TruSight Cancer

6 контрольных образцов человека были приготовлены с использованием панели TruSight Cancer. Эти библиотеки были просеквенированы на системе MiniSeq (high output kit) с длиной чтения 2 x 100 п.о. с двойной индексацией. Общий выход составил 5,2 Gb с 95,8% оснований на уровне Q30 или выше.

Посмотреть результаты исследования >>

Спецификации

Время анализа  1,5 дня
Время непосредственно работы руками  5 часов
Количество стартового материала 50 нг ДНК
Описание Панель для определения герминативных мутаций для распространенных и редких форм рака
Особенности содержимого Готовый набор зондов, которые обогащают 94 гена и 284 SNP, связанных с распространенными и редкими типами рака
 Мультиплексирование До 96-plex
Для работы с какими платформами подходит MiniSeq, MiSeq, MiSeq (в исследовательском режиме), NextSeq 500, NextSeq 550
Класс вариантов Герминальные варианты
Тип нуклеиновой кислоты ДНК
Специализированные типы образцов Несовместимые с FFPE
Метод Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing
Для исследования каких видов подходит Человек
Технология Секвенирование
Тип рака Pan-Cancer

Рекомендации по проекту

Секвенатор
Рекомендуемое количество образцов Длина прочтения
MiniSeq
Образцов за запуск: mid output: 12, high output: 24 (на основе >20-кратного покрытия таргета) до 2 х 150 п.о.
MiSeq 
Образцов за запуск (в зависимости от версии набора): v2: 12, v3: 24 (на основе >20-кратного покрытия таргета)
до 2 х 150 п.о.
NextSeq 550               Образцов за запуск: mid output: 96, high output: 96 (на основе >20-кратного покрытия таргета)
до 2 х 150 п.о.

Сравнение наборов

       TruSight Cancer
AmpliSeq for Illumina BRCA Panel
Время анализа 1,5 дня 5 часов (только подготовка библиотеки; не включает количественную оценку библиотеки, нормализацию или время пулирования)
Время непосредственно работы руками
     5 часов < 1,5 часов
Особенности содержимого
Готовый набор зондов, которые обогащают 94 гена и 284 SNP, связанных с распространенными и редкими типами рака
Экзонные области и фланкирующие интронные последовательности BRCA1 и BRCA2
Количество стартового материала 50 нг ДНК
1–100 нг (10 нг рекомендуется для пула)
Описание Панель для определения герминативных мутаций для распространенных и редких форм рака
Герминативный и соматический анализ BRCA1 и BRCA2.
Мультиплексирование До 96-плекс
96 комбинаций двойных индексов
Для исследования каких видов подходит
Человек
Человек
Класс вариаций  Germline Variants Герминальные варианты, инделы (вставки-делеции), однонуклеотидные полиморфизмы (SNPs), соматические варианты
Метод Таргетное Обогащение, Таргетное ДНК Секвенирование
Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование
 Специальные типы образцов Несовместимые с FFPE
ткани FFPE
 
Пример рабочего процесса для конкретного метода
Подготовка
библиотек с помощью:
Секвенирование на:
MiniSeq System
MiSeq System
NextSeq 550 System