TruSight RNA Pan-CancerВЕРНУТЬСЯ НАЗАД

TruSight RNA Pan-Cancer Panel

Панель исследует 1385 раковых генов - экспрессия генов, определение вариантов и обнаружение фьюженов во многих типах образцов РНК, включая кровь, костный мозг, ткань FFPE.

TruSight RNA Pan-Cancer panel предназначена для проведения детального анализа транскриптома рака. Особенности:

  • Информация об экспрессии генов, определение вариантов, обнаружение фьюженов с известными и новыми партнёрами
  • Оптимизированный протокол для образцов с малым количеством стартового материала для целого комплекса различных типов образцов, включая FFPE

  • Комплексный взгляд на пути развития рака

  • Экономичное секвенирование РНК (RNA-Seq) на настольном секвенаторе


Высокочувствительное и экономически выгодное таргетное секвенирование

TruSight RNA Pan-Cancer panel позволяет количественно измерять экспрессию генов, а также обнаруживать фьюжены генов как с известными, так и с новыми фьюжен-партнёрами генов. Для работы с панелью достаточно всего 10 нг выделенной РНК (или 20 нг из FFPE образцов). Фокус на релевантных генах позволяет с высокой чувствительностью секвенировать 8 образцов за запуск на настольном секвенаторе, представляя экономически эффективное NGS-решение для любой лаборатории.

Интуитивный анализ данных

Анализ может быть выполнен с помощью приложения RNA-Seq Alignment BaseSpace. Этот интуитивно понятное приложение выполняет обнаружение фьюженов и определение вариантов, а также определяет профили экспрессии генов, предлагая комплексное решение для всех исследователей рака.

Массив данных образцов TruSight RNA Pan-Cancer

MiSeq Data

10 нг референсной РНК человека (UHR), референсной РНК головного мозга человека (Brain), РНК клеточной линии (MCF7) и 20 нг FFPE РНК опухоли молочной железы (BT) были приготовлены с использованием TruSight RNA Pan-Cancer Panel и секвенированы на Системе MiSeq. Картирование прочтений и определение фьюженов были выполнены с использованием приложения RNA-Seq Alignment App с STAR aligner на BaseSpace Sequence Hub.

Подробнее о проекте

MiniSeq Data

Образцы референсной РНК человека (HBRR и UHRR), клеточной линии РНК (MCF7) и РНК опухоли молочной железы были приготовлены с использованием TruSight RNA Pan-Cancer panel, и 8 образцов были секвенированы на системе MiniSeq при длине прочтения 2x76 bp с одной индексацией. Общий выход составил 4,2 Gb с 96,8% оснований на уровне Q30 или выше.

Подробнее о запуске

Подробнее о проекте

Доступ к этим данным требует входа в BaseSpace Sequence Hub. Регистрация в BaseSpace Sequence Hub.

Спецификации

Время анализа  2,5 дня
Время непосредственно ручной работы  11 часов     
Количество стартового материала 10 нг выделенной РНК, 20 - 100 нг FFPE РНК
Описание Комплексная оценка ассоциированных с раком транскриптов РНК, которая позволяет исследовать фьюжены генов, варианты и изменения экспрессии генов при различных типах рака
Особенности содержимого 1 385 таргетных генов и 21 043 таргетных участков экзонов. Включает 507 генов, образующих фьюжены, ассоциированные с раком
 Мультиплексирование До 96-plex
Для работы с какими платформами подходит MiniSeq, MiSeq, MiSeqDx (в исследовательском режиме), NextSeq 500, NextSeq 550
Класс вариаций Gene Fusions, Novel Transcripts, Somatic Variants, Transcript Variants
Тип нуклеиновой кислоты РНК
Специализированные типы образцов Ткани FFPE, образцы с малым количеством стартового материала
Метод Target EnrichmentTargeted RNA Sequencing
Для исследования каких видов подходит Человек
Тип рака  Pan-Cancer
Технология Секвенирование

Рекомендации по проекту

Секвенатор
Рекомендуемое количество образцов Длина прочтения
MiniSeq
Образцов за запуск: mid output: 2-3, high output: 8 (на основе  3 млн. прочтений на образец)
до 2 х 75 п.о.
MiSeq 
8 образцов за запуск - реагенты v3 (на основе  3 млн. прочтений на образец)
до 2 х 75 п.о.

Сравнение наборов

       TruSight RNA Pan-Cancer panel
TruSight RNA Fusion Panel
Время анализа  2,5 дня 2,5 дня
Время непосредственной работы руками  11 часов 11 часов
Особенности содержимого
1 385 таргетных генов и 21 043 таргетных участков экзонов. Включает 507 генов, образующих фьюжены, ассоциированные с раком.
Панель, направленная на исследование 507 генов, образующих фьюжены, и включающая 7690 экзонов
Количество стартового материала 10 нг выделенной РНК, 20 - 100 нг FFPE РНК
10 нг выделенной РНК, 20 - 100 нг FFPE РНК
Описание Комплексная оценка ассоциированных с раком транскриптов РНК, которая позволяет исследовать фьюжены генов, варианты и изменения экспрессии генов при различных типах рака
Позволяет исследовать фьюжены с участием как известных, так и новых, не описанных ранее партнёров, с простым биоинформатическим анализом
Для исследования каких видов подходит
Человек
Человек
Тип рака Pan-Cancer
Pan-Cancer, Солидные Опухоли
 Специальные типы образцов ткань FFPE, образцы с малым количеством стартового материала
ткань FFPE, образцы с малым количеством стартового материала

Пример рабочего процесса для конкретного метода
Подготовка
библиотек с помощью:
Секвенирование на:
MiniSeq System
MiSeq System
Анализ данных с помощью: